Estudio revela que el café modifica la microbiota intestinal y la cognición, con efectos diferenciales entre café con y sin cafeína

Un equipo de investigadores del APC Microbiome Ireland y del Departamento de Anatomía y Neurociencia de la University College Cork (UCC) publicó un estudio en Nature Communications en el que demuestra que el consumo habitual de café modifica la composición de la microbiota intestinal y se asocia con cambios en la cognición, la reactividad emocional y marcadores inmunológicos. La investigación, que contó con 62 participantes sanos de entre 30 y 50 años, comparó a bebedores moderados de café (tres a cinco tazas diarias) con no bebedores, y analizó el efecto de la abstinencia durante dos semanas y la posterior reintroducción de café con o sin cafeína.

El hallazgo principal es que el consumo de café se asocia con una mayor abundancia relativa de bacterias como Cryptobacterium curtum y especies del género Eggerthella, junto con una disminución de metabolitos neuroactivos como el ácido indol-3-propionico (IPA), el indol-3-carboxaldehído (ICA) y el neurotransmisor GABA en las heces. Estos cambios no se explicaron por diferencias en la dieta general, ya que los registros alimentarios de siete días no mostraron variaciones significativas en macronutrientes u otros grupos de alimentos entre los grupos.

Diferencias conductuales y efectos de la abstinencia

Los cuestionarios de autoinforme revelaron que los bebedores de café obtuvieron puntuaciones más altas en impulsividad (escala UPPS-P) y reactividad emocional (ERS) en comparación con los no bebedores. Sin embargo, tras dos semanas sin café, estas medidas disminuyeron significativamente. Durante la fase de reintroducción, tanto el café con cafeína como el descafeinado redujeron el estrés percibido y los síntomas depresivos, pero solo el café con cafeína mejoró la ansiedad y la angustia psicológica. Por su parte, el descafeinado se asoció con mejoras en la calidad del sueño, la actividad física y el rendimiento en memoria episódica (prueba ModRey), mientras que el café con cafeína mostró mejoras en tareas de atención (PASAT).

El estudio también evaluó la respuesta al estrés mediante la prueba de frío con evaluación social (SECPT) y la medición del cortisol salival. No se encontraron diferencias significativas en los niveles de cortisol entre grupos ni durante las fases de intervención, lo que sugiere que los efectos sobre el estado de ánimo no estarían mediados por alteraciones en el eje HPA.

Microbiota y metabolismo: más allá de la cafeína

El análisis metagenómico de muestras fecales mostró que la diversidad alfa era significativamente diferente entre bebedores y no bebedores, pero no varió con la abstinencia o la reintroducción, lo que indica que el café afecta a cepas específicas más que a la diversidad global. Siete especies bacterianas diferían entre grupos, y todas ellas se vieron modificadas tras la reintroducción tanto de café con cafeína como descafeinado, lo que sugiere que componentes distintos de la cafeína, como los polifenoles, son responsables de estos cambios.

El metaboloma fecal reveló concentraciones más altas de teofilina, 1,7-dimetilxantina y ácido hipúrico en bebedores de café, y niveles reducidos de IPA e ICA. Estos metabolitos disminuyeron durante la abstinencia y, en algunos casos, no volvieron a los niveles basales tras la reintroducción. En orina, los perfiles de metabolitos de cafeína y polifenoles reflejaron el consumo diferencial, con una alta variabilidad interindividual en los metabolitos fenólicos, lo que apunta a un papel relevante de la microbiota en su metabolismo.

Implicaciones para la salud y la educación superior

Los autores subrayan que este estudio, financiado por el Institute for Scientific Information on Coffee (ISIC), es de los primeros en integrar metagenómica, metabolómica dirigida y no dirigida, y evaluaciones cognitivas y conductuales en un diseño longitudinal con abstinencia y reintroducción controlada. La investigadora principal, Serena Boscaini, y sus colegas Thomaz F.S. Bastiaanssen y Gerard M. Moloney, señalan que los hallazgos sugieren que el café, independientemente de su contenido en cafeína, tiene efectos distintos y complementarios sobre el eje microbiota-intestino-cerebro.

Para el sector de educación superior, estos resultados tienen implicaciones relevantes en áreas como la nutrición, la psicología, la neurociencia y la salud pública. La capacidad del café para modular la cognición y el estado de ánimo a través de la microbiota abre líneas de investigación sobre intervenciones dietéticas personalizadas, especialmente en poblaciones estudiantiles y académicas, donde el consumo de cafeína es elevado. Además, la variabilidad interindividual en el metabolismo de los polifenoles refuerza la necesidad de enfoques de nutrición de precisión, un campo en expansión en las universidades y centros de investigación.

John F. Cryan, autor principal y profesor del Departamento de Anatomía y Neurociencia de la UCC, ha señalado en comunicaciones previas que “el estudio proporciona una comprensión detallada de cómo el café, un compuesto dietético complejo, puede influir en la fisiología humana a través de vías hasta ahora poco exploradas”. Cryan ha sido invitado a conferencias organizadas por empresas como Yakult y Nestlé, y ha recibido financiamiento de Nutricia y DuPont.

Contexto y perspectivas futuras

Investigaciones anteriores ya habían vinculado el consumo de café con una reducción del riesgo de enfermedad de Parkinson, depresión y deterioro cognitivo, pero este trabajo aporta evidencia sobre los mecanismos microbianos y metabólicos subyacentes. La identificación de metabolitos como el IPA, que en estudios recientes se ha relacionado con la mejora cognitiva en adultos mayores, sugiere que la modulación de la microbiota podría ser un objetivo para intervenciones nutricionales.

El estudio también abre preguntas sobre el papel de la microbiota oral, ya que varias de las especies diferencialmente abundantes, como Veillonella parvula, son típicas de la cavidad oral, lo que plantea la hipótesis de una transmisión buco-intestinal. Los autores reconocen limitaciones, como la falta de medición directa del tiempo de tránsito intestinal y el tamaño muestral, pero destacan que el diseño controlado y la integración multi-ómica permiten establecer asociaciones robustas.

Para más información, el artículo completo está disponible en Nature Communications (DOI: 10.1038/s41467-026-71264-8), y los datos de metabolómica y microbioma han sido depositados en repositorios públicos (Metabolights MTBLS13401 y MTBLS13494; ENA PRJEB108545). El código de análisis está disponible en GitHub (https://github.com/thomazbastiaanssen/coffee/).